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gcMeta平台:有效支撑我国微生物组研究

作者:天津生物芯片技术有限责任公司 2018-11-02T09:52 (访问量:6520)

10月26日,《核酸研究》(SCI影响因子11.561)(Nucleic Acids Research)在线发表中科院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心马俊才团队题为“gcMeta: a Global Catalogueof Metagenomics platform to support the archiving, standardization and analysisof microbiome data”的研究论文。gcMeta平台是一个微生物基因组及微生物组数据的管理、分析和发布平台,为国内外用户提供一站式的从数据存储、数据分析到数据发布的服务,目前已经整合了来自中国科学院微生物组计划及国内外多个重要项目的数据。该平台的发布将有效支撑我国微生物组研究并为未来我国国家微生物组计划的实施提供重要的支持。

gcMeta建立了一个微生物基因组、元基因组和转录组管理、数据在线分析、可视化及数据发布的一站式系统。目前已经整合来自国际相关平台(NCBI、EBI、MG-RAST等)及重要项目(HMP、Tara等)超过12万样本数据,来自我国科学家的超过2000余个样本数据,总数据量超过120TB。平台为用户提供了多级的数据管理和权限控制体系,可用于各研究组管理未发表数据,并在研究组内共享,也可以将内部管理数据进行在线发布与公开。平台为所有公开数据提供基于Persistent Identifier (PID) (http://www.pidconsortium.eu/)系统的唯一PID号,用于在学术期刊的公开发表及后续数据引用及分析。此外,平台还整合了超过90个在线数据分析工具,提供针对扩增子序列、全基因组序列等4套分析工作流,所有的分析工具和工作流都是以web方式使用,方便微生物领域用户快速掌握及使用。用户可以通过该平台方便地实现数据管理、数据分析、结果展示和数据发布等一系列服务,平台也将为用户提供全过程的使用支持,欢迎国内外用户使用该平台。

图1:用户数据管理、数据分析及数据发布流程

图2:gcMeta数据管理系统及主页

(https://gcmeta.wdcm.org/)

图3:gcMeta数据分析及可视化系统

微生物资源与大数据中心史文聿、亓合媛为本文共同第一作者,微生物资源与大数据中心及世界微生物数据中心主任马俊才及中心吴林寰博士为本文共同通讯作者。本研究得到中国科学院重点部署项目《人体与环境健康的微生物组共性技术研究》、国家重点研发计划《益生菌健康功能与基于肠道微生物组学的食品营养代谢机理研究》、中国科学院A类先导专项《地球大数据》、中国科学院信息化专项微生物领域云等项目的支持。

天津生物芯片从2003年到2018年始终秉承“提供基因功能组学研究一站式解决方案的理念,利用不同测序平台已经完成细菌基因组完成图测序超过1000株,相关研究成果发表在NaturePNASGenome BiologyJournal of Bacteria等权威期刊发表论文超过200篇。

2013年天津生物芯片率先引入亚洲首批PacBio 测序平台,并一直引领着升级试剂的测试和优化,确保测序平台一直以平稳、高效的运行状态服务于每一位客户。伴随平台运行经验的不断丰富和项目需求的不断增长,为合作伙伴提供更快速、优质的三代测序服务


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